Studi Docking dan Dinamika Molekular Senyawa Kandidat Agonis Peroxisome Agen Terapi Diabetes Tipe 2

Diabetes mellitus tipe 2 ditandai oleh resistensi insulin secara bertahap di berbagai jaringan tubuh (hati, otot dan adiposa), atau kegagalan dalam sel β pankreas, yang menyebabkan perkembangan hiperglikemia kronis. Peroxisome Proliferator-Activated Receptor gamma (PPAR-ɣ) adalah
pengatur metabolisme yang diekspresikan dalam jaringan adiposa. Selain itu, PPAR-ɣ meningkatkan sensitivitas insulin dengan mekanisme yang tidak sepenuhnya dipahami yang melibatkan aktivitas PPAR-ɣ di jaringan adiposa, otot rangka, dan di hati. Tujuan dari penelitian ini adalah
mengkaji interaksi dan afinitas struktur senyawa kandidat terhadap protein PPAR-ɣ yang berpotensi mengaktifkan reseptor tersebut, untuk menghasilkan respons biologis. Metode dari penelitian ini melalui berbagai tahapan antara lain: persiapan makromolekul, persiapan ligan,
simulasi docking, simulasi dinamika molekul, dan interprestasi data hasil simulasi. Hasil simulasi docking senyawa uji terhadap reseptor PPAR-ɣ menghasilkan 5 senyawa uji terbaik dengan nilai energi bebas ikatan (∆G) dan nilai konstanta inhibisi (Ki) yang rendah, yaitu senyawa uji 2 dengan nilai ∆G dan Ki sebesar 11,38 kkal/mol dan 4,57 nM.Analisis kemudian dilanjutkan dengan melakukan simulasi dinamika molekul selama 50 ns menggunakan program Amber16. Hasil analisis menunjukkan bahwa secara umum, pada kompleks senyawa ligan dan makromolekul ada interaksi yang kuat dan stabil pada residu ILE56, LYS57, ARG67, ILE68, GLY71, CYS72,ILE113, LEU117, LEU120, VAL126, ILE128, SER129,MET135, LEU140, PHE150, LYS154, dan HIE236. Sedangkan nilai ∆G dari hasil perhitungan MM/GBSA yang lebih rendah yaitu pada senyawa uji 2.

Kata Kunci: Diabetes milletus tipe 2, dinamika molekul, docking,
PPAR-gamma