VIRTUAL SCREENING SENYAWA OBAT PENURUN GULA DARAH DARI DATABASE TANAMAN HERBAL TERHADAP PYRUVATE DEHIDROGENASE KINASE ISOFORM-1 BERBASIS PHARMACOPHORE MODELLING DAN MOLECULAR DOCKING

Abstract

Diabetes Mellitus (DM) merupakan salah satu kelompok penyakit metabolik yang ditandai oleh hiperglikemia (kadar gula darah meningkat) karena gangguan sekresi insulin, kerja insulin, atau keduanya. Pyruvate dehidrogenase Kinase merupakan salah satu enzim yang mengatur kerja regulasi gula darah.Penapisan virtual sebagai salah satu metode pendekatan in silico telah digunakan pada pencarian senyawa penuntun dari basis data senyawa bahan alam sebagai inhibitor Pyruvate dehidrogrnase kinase. Pada penelitian ini dilakukan penapisan virtual basis data senyawa tanaman obat pada Pyruvate dehidrogrnase kinase dengan ZINC senyawa bahan alam. Tujuan penelitian ini adalah untuk mendapatkan kandidat senyawa aktif sebagai penginhibisi Pyruvate dehidrogrnase kinase serta untuk mengetahui interaksi molekular senyawa hasil dengan protein target. Penelitian ini dilakukan dengan metode pharmacophore modelling dan molecular docking. Validasi virtual screening berbasis phramacophore modelling menggunakan 6 fitur tervalidasi dengan nilai AUC dan EF berturut-turut adalah 0,5 dan 2. Validasi virtual screening berbasis molecular docking tervalidasi dengan nilai AUC dari Vina dan Autodock Wizar berturut-turut adalah sebesar 0,582 dan 0,543.Dari hasil pharmacophore modelling didapatkan sebanyak 849 senyawa dan hasil molecular docking didapatkan 39 senyawa. Dari 39 senyawa terdapat 15 senyawa yang memiliki interaksi residu asam amino dan 2 diantaranya memiliki residu asam amino yang sama dengan ligan alami. Interaksi reseptor dengan ligan alami adalah asam amino SER75 pada reseptor berikatan dengan atom O pada ligan alami. Pada senyawa hasil IBS ZINC02126814 dan IBS ZINC08792130 juga didapatkan interaksi yang sama yaitu asam amino SER75 pada reseptor berikatan dengan atom O pada senyawa hasil.