VIRTUAL SCREENING SENYAWA OBAT PENURUN GULA DARAH DARI DATABASE TANAMAN HERBAL TERHADAP PYRUVATE DEHIDROGENASE KINASE ISOFORM-1 BERBASIS PHARMACOPHORE MODELLING DAN MOLECULAR DOCKING
Abstract
Diabetes Mellitus (DM) merupakan salah satu kelompok penyakit
metabolik yang ditandai oleh hiperglikemia (kadar gula darah
meningkat) karena gangguan sekresi insulin, kerja insulin, atau
keduanya. Pyruvate dehidrogenase Kinase merupakan salah satu
enzim yang mengatur kerja regulasi gula darah.Penapisan virtual
sebagai salah satu metode pendekatan in silico telah digunakan pada
pencarian senyawa penuntun dari basis data senyawa bahan alam
sebagai inhibitor Pyruvate dehidrogrnase kinase. Pada penelitian ini
dilakukan penapisan virtual basis data senyawa tanaman obat pada
Pyruvate dehidrogrnase kinase dengan ZINC senyawa bahan alam.
Tujuan penelitian ini adalah untuk mendapatkan kandidat senyawa
aktif sebagai penginhibisi Pyruvate dehidrogrnase kinase serta untuk
mengetahui interaksi molekular senyawa hasil dengan protein target.
Penelitian ini dilakukan dengan metode pharmacophore modelling
dan molecular docking. Validasi virtual screening berbasis
phramacophore modelling menggunakan 6 fitur tervalidasi dengan
nilai AUC dan EF berturut-turut adalah 0,5 dan 2. Validasi virtual
screening berbasis molecular docking tervalidasi dengan nilai AUC
dari Vina dan Autodock Wizar berturut-turut adalah sebesar 0,582
dan 0,543.Dari hasil pharmacophore modelling didapatkan sebanyak
849 senyawa dan hasil molecular docking didapatkan 39 senyawa.
Dari 39 senyawa terdapat 15 senyawa yang memiliki interaksi residu
asam amino dan 2 diantaranya memiliki residu asam amino yang
sama dengan ligan alami. Interaksi reseptor dengan ligan alami
adalah asam amino SER75 pada reseptor berikatan dengan atom O
pada ligan alami. Pada senyawa hasil IBS ZINC02126814 dan IBS
ZINC08792130 juga didapatkan interaksi yang sama yaitu asam
amino SER75 pada reseptor berikatan dengan atom O pada senyawa
hasil.