Identifikasi Bakteri Endofit BE4 dengan Menggunakan Metode 16s rRNA

Bakteri dalam berbagai jumlah, jenis serta keberagamannya terdapat hampir di mana-mana. Karena jumlah yang melimpah ini, tidak mengherankan jika banyak bakteri yang belum teridentifikasi secara menyeluruh. Bakteri endofit
merupakan bakteri yang hidup secara simbiosis pada jaringan tanaman, membentuk koloni pada periode tertentu dalam siklus hidupnya dan dapat menghasilkan metabolit sekunder. Tujuan dari penelitian ini adalah melakukan identifikasi spesies bakteri endofit BE4 dengan menggunakan metode 16S rRNA.
Gen 16S rRNA merupakan bagian prokariota yang memiliki bagian yang “dilestarikan” atau conserved. Pada pewarnaan gram menunjukan bakteri termasuk gram positif yang ditandai dengan warna ungu. Isolasi DNA dilakukan untuk memisahkan DNA dari zat lain selanjutnya dielektroforesis dan hasilnya
menunjukan bahwa bakteri BE4 tersebut memiliki karakteristik sebesar 1500 pb. Untuk mendapatkan gen yang utuh, dilakukan PCR menggunakan DNA kromosom yang diisolasi sebagai cetakan dan hasil PCR menunjukkan bahwa amplifikasi berhasil dilakukan, dengan fragmen DNA berukuran 1500 pb. Untuk
menentukan urutan basa nukleotida dilakukan sekuensing, dan hasilnya bakteri BE4 ini merupakan spesies bakteri Brevibacillus brevis.

Kata kunci: Bakteri endofit, identidikasi bakteri metode 16S rRNA, isolasi DNA, sekuensing, Brevibacillus brevis.