Identifikasi Bakteri Endofit Be5 dengan Menggunakan Metode 16S rRNA

Bakteri endofit bermanfaat di banyak bagian kehidupan, bakteri endofit tertentu menghasilkan zat-zat yang berpotensi untuk digunakan dalam bidang medis dalam
sedian obat-obatan, industri dan pembersihan lahan yang terkontaminasi. Bakteri endofit dapat diisolasi dari tanaman dengan cara mensterilkan permukaannya atau mengekstrak bakteri dari jaringan tanaman. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi spesies bakteri endofit BE5. Dalam mengidentifikasi bakteri digunakan metode 16S rRNA. Karena gen 16S rRNA memiliki bagian yang terkonservasi spesies bakteri dapat diidentifikasi dengan Polymerase Chain
Reaction (PCR) dan studi sekuensing. Metode pengujian dalam penelitian ini terdiri dari tahapan: peremajaan bakteri, pewarnaan gram, isolasi DNA, amplifikasi DNA, dan identifikasi spesies. Hasil dari peremajaan bakteri dibuat kultur cair bakteri, hasilnya ditandai dengan adanya perubahan warna pada media cair menjadi lebih keruh. Pewarnaan gram diperoleh hasil jika isolat bakteri endofit BE5 mempunyai sifat gram positif karena setelah dilakukan pewarnaan gram hasilnya sel berwarna ungu. Isolasi DNA dilakukan untuk memisahkan DNA dari zat lain lalu
dielektroforesis dan hasilnya dilakukan amplifikasi menggunakan PCR, hasil PCR menunjukkan bahwa amplifikasi berhasil dilakukan, dengan fragmen DNA berukuran 1500 pb. Untuk menentukan urutan basa nukleotida dilakukan
sekuensing dan hasilnya dibuat pohon filogenetik. Pada penelitian ini dapat disimpulkan bahwa spesies bakteri endofit BE5 memiliki kemiripin dengan bakteri spesies Bacillus cereus.

Kata Kunci: Bakteri endofit, metode 16S rRNA, sekuensing, Bacillus cereus.