Identifikasi Bakteri Endofit Be2 dengan Menggunakan Metode rRNA

Bakteri endofit adalah bakteri yang terdapat dalam jaringan tanaman sehat yang tidak menimbulkan gejala penyakit tanaman inang. Bakteri endofit hidup atau bersimbiosis mutualisme pada jaringan tanaman tanpa merugikan sel inang. Bakteri
endofit umumnya memasuki tanaman melalui akar, tetapi juga dapat memanfaatkan bagian tanaman yang terkena udara secara langsung seperti bunga, batang, dan kotiledon. Tujuan dalam penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi bakteri
endofit BE2 yang diisolasi dari rimpang kunyit menggunakan metode 16S rRNA. 16S rRNA adalah urutan DNA yang mengkode RNA dari subunit kecil ribosom bakteri. Gen 16S rRNA ini dapat dilihat pada semua bakteri, suatu bentuk terkait
yang terdapat pada semua sel bahkan pada eukariota. Dari hasil penelitian menunjukkan bahwa spesies bakteri endofit BE2 yang diisolasi dari rimpang kunyit menggunakan metode 16S rRNA yaitu bakteri gram negatif karena menunjukan
hasil pewarnaan gram berwarna merah. Isolasi DNA dilakukan untuk memisahkan DNA dan hasil visualisasi DNA menunjukan Gen 16S rRNA pada isolat BE2 teramplifikasi dengan ukuran 1500 bp, yang menunjukkan bahwa proses amplifikasi berhasil. Untuk menentukan urutan basa nukleotida dilakukansekuensing, dilakukan identifikasi spesies bakteri dengan melakukan analisis bioinformatika dimulai dengan mencari spesies yang memiliki kesamaan gen 16S rRNA yang tinggi dan pohon filogenetik yang menunjukan bahwa analisis bakteri
endofit BE2 sangat dekat dengan bakteri Ureibacillus thermosphaericus.

Kata kunci: Isolasi DNA, Gen 16S rRNA, PCR, Sekuensing