Kajian Penambatan Molekul dan Dinamika Molekul Senyawa Asam Lemak tak Jenuh dari Navicula Salinicola Terhadap Target Protein Spike dari SARS-COV-2

SARS-CoV-2 merupakan virus korona penyebab sindrom pernafasan akut berat. Sampai sekarang, belum atau sedikit obat yang tersedia untuk mengendalikan virus ini. Protein spike berperan penting dalam proses infeksi di dalam tubuh manusia sehingga menjadi jalur untuk mengintervensi infeksi dari virus ini. Navicula sp memiliki kandungan PUFA dimana secara struktur mirip dengan omega 3 yang telah dilaporkan mampu mengikat protein spike SARS CoV-2 sehingga menghalangi interaksinya dengan ACE2. Penelitian ini bertujuan untuk
mengidentifikasi interaksi, afinitas dan kestabilan antara asam lemak tak jenuh pada Navicula salinicola dengan protein spike yang ditemukan pada SARS-CoV-2. Pendekatan digunakan secara in silico melalui metode penambatan molekul menggunakan AutoDock 4.2, dilanjutkan dengan metode simulasi dinamika molekul menggunakan AMBER 18. Simulasi penambatan
molekul dengan 15 senyawa uji dilakukan setelah diperoleh lokasi penambatan yang valid dan diperoleh dua senyawa yaitu DHA dan EPA dengan nilai ΔG berturut-turut -8,44 dan -7,67;
kkal/mol. Simulasi dinamika molekul menunjukkan kedua ligan ini mampu menstabilkan kompleks selama 50 ns tetapi ligan EPA memiliki energi MMGBSA (ΔG = 52,1365 kkal/mol) lebih negatif dari ligan alami dan DHA. molekul untuk senyawa (DHA dan EPA) menunjukkan kestabilan dicapai pada waktu 50 ns dengan nilai energi bebas ikatan MMGBSA adalah -46,39; -49,69 kkal/mol. senyawa eicosapentaenoic acid (EPA) berpotensi menjadi senyawa pemandu untuk menginhibisi reseptor ace2.

Kata Kunci : SARS-CoV-2, PUFA, Penambatan molekul, Dinamika molekul, Protein spike, Navicula salinicola