Virtual Screening Senyawa Inhibitor Serine/Threonine-Protein Kinase B-Raf sebagai Anti-Kanker Kolon Berbasis Pharmacophore Modeling dan Molecular Docking

Kanker kolon merupakan kanker yang tumbuh di sistem pencernaan, disebabkan karena pertumbuhan sel yang tidak terkendali. Kanker kolon adalah kanker ketiga terbanyak di
Indonesia dan merupakan kanker penyebab kematian kedua terbanyak di Amerika Serikat. Pada pencarian senyawa obat baru yang dilakukan secara in silico, Serine/Threonine-Protein Kinase B-Raf adalah kinase yang penting untuk pengobatan kanker kolon. Penelitian ini bertujuan untuk mencari kandidat senyawa obat baru berdasarkan metode virtual screening berbasis pharmacophore modeling dan molecular
docking menggunakan database ZINC Natural Product. Validasi berbasis farmakofor menunjukkan ada 4 jenis fitur farmakofor yaitu 3 ikatan hidrofobik, dan 1 ikatan donor hidrogen dengan nilai AUC 0,51 dan EF 3,2 menghasilkan 343 dari 151.837 senyawa.Untuk validasi berbasis molecular docking dengan vina wizard didapatkan nilai AUC 0,781 dan EF 51,00 menghasilkan 178 senyawa dari nilai binding affinity ligan alami yaitu -8,9 kkal/mol. Sedangkan validasi autodock wizard didapatkan nilai AUC 0,637 dan EF 51,00 menghasilkan 29 senyawa dari nilai binding energy ligan alami yaitu -9,05 kkal/mol. Didapatkan 3 hits terbaik yang diduga berpotensi sebagai anti kanker kolon yaitu senyawa ZINC05343819, ZINC09572633 dan ZINC96115220 yang memiliki ikatan hidrogen pada residu asam amino Cys532, Lys483 dan Phe595.

Kata Kunci: Kanker kolon, molecular docking, pharmacophore modeling, Serine/Threonine-Protein Kinase B-Raf, virtual screening.