PENAMBATAN MOLEKUL,SIMULASI DINAMIKA MOLEKUL DAN PREDIKSI TOKSISITAS SENYAWA-SENYAWA YANG TERKANDUNG DALAM TEH (CAMELLIA SINENSIS) YANG BERPOTENSI SEBAGAI INHIBITOR MAIN PROTEASE SARS-COV-2

Abstract

COVID19 yang menjadi pandemi disebabkan oleh virus SARS CoV-2. Pencarian obat baru untuk COVID19 terus dilakukan dengan memanfaatkan berbagai protein target yang mungkin terhadap virus tersebut. Salah satu protein target yang mungkin adalah Main protease (M ). Main protease adalah enzim yang berperan dalam replikasi virus. Estrak teh (Camellia sinensis) terbukti memiliki senyawa aktif yang diketahui dapat menjadi penghambat aktivitas M pro SARS CoV. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui apakah senyawa-senyawa dalam ekstrak teh memiliki aktivitas terhadap main protease SARS CoV-2 atau tidak. Penelitian ini dilakukan secara in silico dengan pendekatan penambatan molekul dan dinamika molekul. Berdasarkan hasil penambatan molekul dari 12 senyawa uji tersebut terhadap enzim M pro diketahui ada 5 senyawa uji yang diketahui memiliki afinitas lebih baik daripada ligan alami maupun Lopinavir, yaitu senyawa Theaflavin-3’-gallate, Theaflavin-3-gallate, Epicathecin gallate, Epigalocathecin gallate, Theaflavin-3’3-gallate. Berdasarkan hasil simulasi dinamika molekul yang berjalan selama 50 ns hasil grafik menunjukan bahwa nilai RMSD dan RMSF yang memiliki kestabilan interaksi yaitu ada pada senyawa Theaflavin-3-gallate dan Epigalocathecin gallate dimana nilai yang diperoleh <2Å dan grafik menunjukan hasil yang stabil. Berdasarkan prediksi toksisitas secara in silico, Senyawa Theaflavin-3-gallate dan Epigalocathecin gallate diketahui tidak bersifat mutagen dan tidak bersifat karsinogen tetapi toksisitas terhadap jantung masih belum jelas