PENAMBATAN MOLEKUL DAN DINAMIKA MOLEKUL SENYAWA TURUNAN XANTHONE SEBAGAI SENYAWAANTI KANKER DARAH
Abstract
Kanker darah merupakan kanker yang menempati urutan ke sembilan
terbanyak di Indonesia dimana 4,1% dari penduduk Indonesia
mengidap penyakit ini. Xanthone diketahui memiliki aktivitas anti
kanker, sehingga dapat diprediksi senyawa ini memiliki aktivitas
dengan mekanisme menginhibisi pada protein target Bcl-2. Penelitian
ini bertujuan mendapatkan gambaran interaksi senyawa uji dengan
protein target Bcl-2 (PDB ID 6GL8) dan stabilitas interaksinya.
Tahapan awal dilakukan penambatan molekul terhadap sepuluh
senyawa uji turunan xanthone. Parameter penambatan molekul yang
digunakan adalah nilai energi bebas ikatan (ΔG) dan konstanta inhibisi
(ki) dan kemudian analisis dilanjutkan dengan melakukan dinamika
molekul terhadap senyawa uji dengan rentang waktu 50 nanodetik.
Hasil penambatan molekul terbaik adalah senyawa uji turunan
xanthone 8 nilai energi bebas ikatan (ΔG) dan konstanta inhibisi (ki)
berturut-turut adalah -6,55 kkal/mol dan 15,90 μM. Analisis dinamika
molekul diperoleh nilai energi bebas ikatan (ΔG) terbaik dimiliki
senyawa turunan xanthone 3 dengan nilai -22,46 kkal/mol.
Disimpulkan bahwa senyawa turunan xanthone dapat membuat
interaksi cukup baik anatara protein target Bcl-2 dan senyawa uji
turunan xanthone.